《百式战姬》游戏的战斗模式新颖独特，采用自动与手动相结合的方式。自动攻击中，灵活的进行手动施放技能。技能不但华丽而且类型多样，加入风、火、水、无四种元素属性。通过积攒怒气来随机获取上阵兵娘技能卡，不同兵娘阵容间技能搭配可以产生不同的效果。

特色的combo连招系统，可以完美得打出一套技能让对手毫无招架之力，连击、追击、反击技能在恰当的时机触发可以瞬间扭转战局，即使在敌强我弱的情况下仍有反败为胜的机会，更添加打断技能等多种技能效果让战斗更加激烈刺激。