《方舟指令》中有多种关卡可供游玩。玩家可点击出击按钮进入选择。

▲主线剧情▲

——推进剧情，过关斩将。

每章主线剧情包含4小关，每小关内包含3-6场必需战斗和0-2场可选战斗。

玩家可自由控制队伍在地图上行走，以及对战斗的顺序有一定的选择权，同时需要根据关卡描述解开简单的谜题(有提示)才可获得三星通关。

▲曜日训练场▲

——每日挑战，收集素材。

包含数种类的日常关卡，以星期为周期按一定规律开放。

根据玩家队伍强度提供不同难度的关卡，可获得大量特定类型材料。

▲神迹演武▲

——玩家之间的PVP模式。

玩家可配置防御队伍供其他玩家挑战，同时编成进攻队伍挑战其他玩家的防御队伍。

每次挑战以及在每个赛季内达到一定段位后可获得演武铸币，可兑换誓灵和道具。

在每场战斗开始之前玩家可以重新安排登场角色，调整阵形和角色的站位，利用这个特性，玩家可以根据不同的敌人灵活布置战术。

★阵型★

不同阵型可为主力誓灵配置不同站位，获得独特的属性加成和对应敌方的技能。

★助阵★

主线剧情Boss战准备时会按一定规则出现好友和其他玩家设置为助手的誓灵助战，为全队提供不同的属性加成，玩家可按需选择。